12 - 지원되는 파일 형식 및 옵션
업데이트: Link
화학자들은 매우 상상력이 풍부한 그룹입니다. 그들은 새로운 파일 형식을 계속 생각합니다.
OpenBabel은 총 118 개의 형식을 지원합니다. 88 개의 형식을 읽고 89 개의 형식을 쓸 수 있습니다. 이러한 형식은 이름 (예 : ShelX 형식 )과 하나 이상의 짧은 코드 (이 경우 ins 또는 res ) 로 식별됩니다 . 각 섹션의 제목은이 정보를 제공합니다 (예 : ShelX 형식 (in, res) ).
짧은 코드는 obabel 또는 babel 을 사용하여 한 형식에서 다른 형식으로 파일을 변환 할 때 사용됩니다 .
obabel -iins myfile.ins -ocml
ShelX 형식에서 Chemical Markup Language로 변환합니다 (이 경우 출력 파일이 지정되지 않고 출력이 화면 [stdout]에 기록됨). 실제로 파일 이름 확장자가 파일 형식 코드와 동일하면 코드를 지정할 필요가 없습니다. 즉, 다음 명령은 동일하게 작동합니다.
babel myfile.ins -ocml
다른 곳에서 설명 된 일반적인 변환 옵션 ( 옵션 참조 ) 외에도 각 형식에는 읽기 또는 쓰기 옵션이 있습니다. 예를 들어, ShelX 형식에는 파일 읽기에 영향을주는 두 가지 옵션 인 s 및 b가 있습니다. 파일 형식 옵션을 설정하려면
- 읽기 옵션: 명령 줄에서 옵션 앞에
-a를 붙임 - 쓰기 옵션: 명령 줄에서 옵션 앞에
-x를 붙임
기억 도우미
읽기 또는 쓰기 옵션에 대한 올바른 스위치를 기억하려면 “raw eggs”를 생각하십시오: read is a, write is x (“eggs”)
예를 들어 ShelX 형식 파일을 읽을 때 모든 본드를 단일 본드로 설정하려면 s 옵션을 지정할 수 있습니다.
babel -iins myfile.ins -ocml -as
둘 이상의 읽기 (또는 쓰기) 옵션을 지정할 수 있습니다 (예 : -ax -ay -az ). babel (obabel 은 안됨)을 사용하면 여러 옵션을 함께 지정할 수 있습니다 (예 : -axyz ).
개발자 노트
OBConversion 객체의 파일 형식을 설정하려면 SetInAndOutFormat(InCode, OutCode)을 사용하십시오. 읽기 옵션을 설정하려면 SetOptions("s", OBConversion::INOPTIONS)를 사용하십시오.
- 일반적인 화학 포맷 형식
- 유틸리티 형식
- 다른 화학 포맷
- 계산 화학 형식
- ABINIT 출력 형식 (abinit)
- ADF 데카르트 입력 형식 (ADF)
- ADF 출력 형식 (adfout)
- CAChe MolStruct 형식 (캐시, cac)
- CASTEP 형식 (castep)
- 카카오 데카르트 형식 (caccrt)
- 카카오 내부 형식 (cacint)
- DMol3 좌표 형식 (outmol, dmol)
- FHIaims XYZ 형식 (fhiaims)
- Fenske-Hall Z-Matrix 형식 (fh)
- GAMESS 입력 (inp, gamin)
- 게임 출력 (게임, 게임, 게임)
- 게임 영국 입력 (구킨)
- GAMESS-UK 출력 (gukout)
- GULP 형식 (got)
- 가우스 98/03 입력 (gjf, gjc, gau, com)
- 가우스 출력 (g09, g03, g94, g92, g98, gal)
- 가우스 Z- 행렬 입력 (gzmat)
- 가우시안 형식 검사 점 파일 형식 (fchk, fch, fck)
- HyperChem HIN 형식 (힌)
- 재규어 입력 형식 (진)
- 재규어 출력 형식 (jout)
- MOPAC 데카르트 형식 (mopcrt, mpc, mop)
- MOPAC 내부 (mopin)
- MOPAC 출력 형식 (moo, mopout)
- MPQC 출력 형식 (mpqc)
- MPQC 단순화 된 입력 형식 (mpqcin)
- Molpro 입력 형식 (mp)
- Molpro 출력 형식 (MPO)
- NWChem 입력 형식 (nw)
- NWChem 출력 형식 (nwo)
- PWscf 형식 (pwscf)
- 병렬 양자 솔루션 형식 (PQ)
- Q-Chem 입력 형식 (qcin)
- Q-Chem 출력 형식 (qcout)
- TurboMole 좌표 형식 (tmol)
- VASP 형식 (CONTCAR, POSCAR)
- ZINDO 입력 형식 (zin)
- 결정학 형식
- 반응 형식
- 이미지 형식
- 2D 도면 형식
- 3D 뷰어 형식
- 운동학 및 열역학 형식
- 분자 역학 및 도킹 형식
- 볼륨 데이터 형식
- 기타 형식
- 생물학적 데이터 형식
- 모호한 형식
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