04 - Open Babel 그래픽 사용자 인터페이스

obabel 명령 행(Command Line) 프로그램은 화학 물질 (현재 분자 또는 반응)을 한 파일 형식에서 다른 파일 형식으로 변환합니다. Open Babel GUI (그래픽 사용자 인터페이스)는 명령 줄을 사용하는 대신 사용할 수있는 기능이며 기능이 동일합니다. Open Babel 2.3부터 GUI는 Windows, Linux 및 MacOSX에서 크로스 플랫폼으로 제공됩니다. Windows에서는 Open Babel 폴더의 시작 메뉴에서 찾을 수 있습니다. Linux 및 MacOSX에서 obgui 명령으로 GUI를 시작할 수 있습니다.
GUI의 기능은 obabel의 기능을 반영하므로 previous chapter 기능 및 사용 방법을 참조하여 사용 가능한 정보를 확인하십시오. 이 장에서는 GUI의 일반적인 사용법에 대해 설명하고 GUI와 관련된 기능에 중점을 둡니다.

기본 기능

GUI는 많은 옵션을 제공하지만 기본 작업은 간단합니다.

• 드롭 다운 목록에서 입력 파일 유형을 선택하십시오.
• “…” 버튼을 클릭하고 파일을 선택하십시오. 내용은 아래 텍스트 상자에 표시됩니다.
• 비슷한 방식으로 출력 형식과 파일을 선택하십시오. 출력 파일을 선택하지 않거나 “Output below only ..”를 확인하여 출력을 저장하지 않고 표시 할 수 있습니다.
• “Convert”버튼을 클릭하십시오.

버튼 아래의 메시지 창은 변환 된 분자 수를 제공하고 출력 파일의 내용이 표시됩니다.

기본적으로 출력 형식이 여러 분자를 허용하면 입력 파일의 모든 분자가 변환됩니다.

옵션

가운데 옵션은 변환되는 화학 물질의 유형 (분자 또는 반응)과 입력 및 출력 형식에 적합한 옵션입니다. 명령 줄 인터페이스에서 -Hxxx 옵션과 여기에있는 “Format info“단추와 함께 표시되는 설명 텍스트에서 파생됩니다. 화면이 너무 복잡해지면 View 메뉴를 사용하여 다양한 유형의 옵션 표시를 끌 수 있습니다.

여러 파일 입력

입력 파일 대화 상자에서 일반적인 방식으로 여러 입력 파일을 선택할 수 있습니다 (예 : Windows의 Control 키 사용). 입력 파일 이름 상자에서 각 파일 이름은 첫 번째 파일의 경로 인 상자 바로 위에 표시된 경로를 기준으로 표시됩니다. [[Tab]]/[[ShiftTab]], [[PageUp]]/[[PageDown]], 마우스 휠로 강조 표시를 이동하거나 더블 클릭하여 파일을 표시 할 수 있습니다.

하나 이상의 새 파일 이름을 선택하면 일반적으로 이미 존재하는 파일 이름이 제거되지만 파일 선택 대화 상자를 떠날 때 [[Control]] 키를 누른 상태로 추가 할 수 있습니다.

파일을 끌어서 놓을 수도 있습니다 (예 : Windows 탐색기에서). [[Control]] 키를 누를 때 파일을 추가하고 그렇지 않으면 기존 파일을 바꿉니다.

일반적으로 각 파일은 확장자에 따라 변환되며 입력 파일이 모두 같을 필요는 없지만 비표준 파일 이름을 사용하려면 “Use this format for all input files…” 확인란을 설정하십시오.

하나 이상의 파일에서 여러 분자를 분리 된 부품이있는 단일 분자로 결합하려면 “Join all input molecules…“ 옵션을 사용하십시오.

파일 이름에서 와일드 카드

입력 파일 이름을 직접 입력하면 파일 이름에 와일드 카드 문자 * 및 ?가 포함될 수 있습니다. [[Enter]]를 입력하면 일치하는 파일 목록으로 대체됩니다. [[Shift]] 키를 누른 상태에서 [[Enter]]를 입력하여 와일드 카드 이름을 복원 할 수 있습니다. “Convert” 버튼을 누르면 원본 또는 확장 버전이 동일하게 작동합니다.

입력 및 출력 파일 이름 모두에 와일드 카드 *를 포함하면 배치 변환을 수행 할 수 있습니다. first.smi, second.smi, third.smi 파일이 있다고 가정하십시오. 입력 파일 이름으로 *.smi를 사용하고 출력 파일 이름으로 *.mol을 사용하면 first.mol, second.mol 및 third.mol의 세 파일이 생성됩니다. 출력 파일 이름이 NEW_*.mol 인 경우 출력 파일은 NEW_first.mol 등입니다.

내 컴퓨터에서 입력

“Input below …” 확인란을 선택하면 입력 텍스트를 직접 입력 할 수 있습니다. 텍스트 상자는 색상이 변경되어 변환 될 파일의 내용이 아니라이 텍스트임을 상기시킵니다.

출력 파일

출력 파일 이름은 경로로 완전히 지정할 수 있지만 그렇지 않은 경우 입력 파일 경로에 상대적인 것으로 간주됩니다.

그래픽 디스플레이

변환되는 화학 구조는 외부 프로그램에서 SVG로 표시 될 수 있습니다. 기본적으로 이것은 Firefox이지만 View 메뉴의 항목에서 변경할 수 있습니다 (예 : Opera 및 Chrome이 제대로 작동 함). 출력 파일 이름 아래에“_Display in firefox _”가 선택되어 있으면 새 Firefox 탭에 구조가 표시됩니다. 여러 분자를 사용하면 디스플레이를 확대/축소 (마우스 휠)하고 패닝 할 수 있습니다 (마우스 버튼을 눌렀을 때 드래그). 최대 100 개의 분자를 쉽게 처리 할 수 있지만 시스템이 많을수록 조작 속도가 느려질 수 있습니다. 특히 2D 원자 좌표를 계산 해야하는 경우 (예 : SMILES에서) 생성 속도가 느릴 수 있습니다. _Convert_를 누를 때마다 새 Firefox 탭이 열립니다.

제한된 형식 세트 사용

Open Babel이 처리하는 광범위한 형식의 하위 집합에만 관심이있을 수 있습니다. 드롭 다운 상자에서 제공되는 선택을 제한하여 일상적인 선택을보다 쉽게 할 수 있습니다. View 메뉴에서 “set set of format”을 클릭하면 형식을 선택할 수 있습니다. 이어서 View 메뉴에서 “Use restricted set of formats”을 클릭하면이 기능이 켜지고 꺼집니다.

제한된 세트를 사용하면 Windows 버전의 자극적 인 버그를 극복 할 수 있습니다. Open 및 Save 파일 대화 상자에서 표시된 파일은 current format, All Chemical Formats 또는 All Files_로 필터링 할 수 있습니다. _All Chemical Formats 필터는 알파벳의 첫 30 가지 형식 만 표시합니다. _All Files_는 실제로 모든 파일을 표시하며 변환 프로세스에는 영향을 미치지 않습니다.

다른 기능들

선택한 형식 및 창 크기 및 위치와 같은 대부분의 인터페이스 매개 변수는 세션간에 기억됩니다.

View 메뉴를 사용하여 텍스트를 줄 바꿈하지 않도록 입력 및 출력 텍스트 상자를 설정할 수 있습니다. 현재이 기능을 적용하려면 프로그램을 다시 시작해야합니다.

출력 텍스트 창의 맨 위에있는 메시지 상자는 오류 및 감사 로깅에 대한 프로그램 출력과 일부 진행 보고서를 받습니다. 창 사이의 구분선을 아래로 끌어서 확장 할 수 있습니다.

예제 파일들

Windows 배포판에는 세 가지 화학 파일이 포함되어 있습니다.

• serotonin.mol 3D 아톰 좌표가있는
• oxamide.cml 이는 2D이며 SDF로 변환 할 때 볼 수있는 많은 속성을 가지고 있습니다.
• FourSmallMols.cml 이것은 (의외로) 원자 좌표가없는 4 개의 분자를 포함하며 다중 분자의 취급을 설명하기 위해 사용될 수 있습니다

출력 형식을 SMI (보기 쉬운)로 설정하면 적절한 옵션 상자에 2와 3을 입력하여 두 번째와 세 번째 분자 만 변환 할 수 있습니다. 또는 SMARTS 옵션 상자에 CO를 입력하여 C-O 단일 결합을 가진 분자 만 변환하십시오.