영어 못하는 개발자

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제 1장 RDKit 설치

업데이트: Link

https://www.rdkit.org/docs/Install.html#optional-packages

제 1장 RDKit 설치

아래에는 다양한 정도의 복잡성과 함께 여러 설치 방법이 나와 있습니다.

anaconda python에서 크로스 플랫폼(가장 빠른 설치)

아나콘다 소개

Conda는 오픈 소스, 크로스 플랫폼, 소프트웨어 패키지 관리자입니다. 소프트웨어 구성 요소의 패키징 및 배포를 지원하고 격리된 실행 환경 내에서 설치를 관리합니다. pip 및 virtualenv와 몇 가지 유사점이 있지만 “python에 구애받지 않고” 바이너리 패키지 및 해당 종속성의 배포에 더 적합하도록 설계되었습니다.

콘다를 얻는 방법

Conda를 얻는 가장 쉬운 방법은 Anaconda Python 배포판 의 일부로 Conda를 설치하는 것 입니다. 가능한(사용하기가 조금 더 복잡한) 대안이 더 작고 독립적인 Miniconda 와 함께 제공됩니다. conda 소스 코드 저장소는 github 에서 사용할 수 있으며 추가 문서는 프로젝트 웹사이트 에서 제공됩니다.

Conda로 RDKit을 설치하는 방법

RDKit이 설치된 새 conda 환경을 생성하려면 다음과 유사한 단일 명령이 필요합니다.

$ conda create -c conda-forge -n my-rdkit-env rdkit

마지막으로, 동일한 쉘에서 해당 파이썬 인터프리터를 사용할 수 있도록 새 환경을 활성화해야 합니다.

$ conda activate my-rdkit-env

어떤 이유로 이것이 작동하지 않으면 다음을 시도하십시오.

$ cd [anaconda folder]/bin
$ source activate my-rdkit-env

Windows 사용자는 약간 다른 명령을 사용합니다.

C:\> activate my-rdkit-env

Conda를 사용하여 소스에서 빌드하는 방법

Conda를 사용 하여 소스에서 빌드하는 방법에 대한 자세한 내용은 conda-rdkit 저장소 를 참조하세요.

macOS 10.12(Sierra): Python 3 환경

다음 명령은 macOS Sierra 및 Python 3용 개발 환경을 생성합니다. Conda 에서 Miniconda3-latest-MacOSX-x86_64.sh를 다운로드하고 다음 명령을 실행합니다.

bash Miniconda3-latest-MacOSX-x86_64.sh
conda install numpy matplotlib
conda install cmake cairo pillow eigen pkg-config
conda install boost-cpp boost py-boost

선택적으로 다음 패키지를 유용한 개발 도구로 환경에 추가합니다.

pip install yapf==0.11.1
pip install coverage==3.7.1

그런 다음 일반적인 빌드 지침을 따릅니다. PYTHON_INCLUDE_DIR은 cmake 명령에서 설정해야 합니다.

PYROOT=<path to miniconda3>
cmake -DPYTHON_INCLUDE_DIR=$PYROOT/include/python3.6m  \
  -DRDK_BUILD_AVALON_SUPPORT=ON \
  -DRDK_BUILD_CAIRO_SUPPORT=ON \
  -DRDK_BUILD_INCHI_SUPPORT=ON \
  ..

make 및 make install이 성공적으로 완료되면 다음 명령을 사용하여 테스트를 실행합니다.

RDBASE=$RDBASE DYLD_FALLBACK_LIBRARY_PATH="$RDBASE/lib:$PYROOT/lib" PYTHONPATH=$RDBASE ctest

이는 최신 macOS 버전에 도입된 시스템 무결성 보호 SIP 로 인해 필요합니다.

Linux x86_64: Python 3 환경

다음 명령은 Linux x86_64 및 Python 3용 개발 환경을 생성합니다.

Anaconda 에서 최신 anaconda 설치 프로그램을 다운로드하여 설치하십시오. 그런 다음 필요한 패키지를 설치하십시오.

bash Anaconda3-5.2.0-x86_64.sh
conda install -y cmake cairo pillow eigen pkg-config
conda install -y boost-cpp boost py-boost

Numpy 및 matplotlib는 이미 기본 설치의 일부인 aaconda입니다. 최신 부스트 라이브러리가 현재 anaconda의 기본 버전보다 높은 GLIBC 버전으로 빌드되고 있기 때문에 더 최신 버전으로 업데이트해야 합니다.

conda install -y gxx_linux-64

이 시점에서 RDKit 저장소를 원하는 빌드 위치에 복제하고 빌드를 시작할 수 있어야 합니다. 아나콘다가 numpy 패키지 내부에 헤더를 숨기기 때문에 RDKit이 헤더를 찾을 수 있도록 numpy 헤더의 경로를 표시해야 한다는 점을 고려하십시오.

git clone https://github.com/rdkit/rdkit.git
cd rdkit
mkdir build && cd build
cmake -DPy_ENABLE_SHARED=1 \
  -DRDK_INSTALL_INTREE=ON \
  -DRDK_INSTALL_STATIC_LIBS=OFF \
  -DRDK_BUILD_CPP_TESTS=ON \
  -DPYTHON_NUMPY_INCLUDE_PATH="$(python -c 'import numpy ; print(numpy.get_include())')" \
  -DBOOST_ROOT="$CONDA_PREFIX" \
  ..

그리고 마지막으로 make, make install 및 ctest

conda 환경에서 PostgreSQL 및 RDKit PostgreSQL 카트리지 설치 및 사용

conda 파이썬 배포판은 시스템 파이썬과 다른 버전이기 때문에 conda를 통해 PostgreSQL과 PostgreSQL 파이썬 클라이언트를 설치하는 것이 가장 쉽습니다.

환경이 활성화되면 다음과 같이 간단하게 수행됩니다.

conda install -c rdkit rdkit-postgresql

conda 패키지 PostgreSQL 버전은 [conda 폴더]/envs/my-rdkit-env/bin에 있는 initdb 명령을 실행하여 초기화해야 합니다.

[conda folder]/envs/my-rdkit-env/bin/initdb -D /folder/where/data/should/be/stored

그런 다음 다음 명령을 사용하여 터미널에서 PostgreSQL을 실행할 수 있습니다.

[conda folder]/envs/my-rdkit-env/bin/postgres -D /folder/where/data/should/be/stored

대부분의 사용 사례에서는 대신 PostgreSQL을 데몬으로 실행해야 합니다. 이를 수행하는 한 가지 방법은 감독자를 사용하는 것입니다. 여기에서 수퍼바이저를 설치하는 방법과 자세한 내용을 확인할 수 있습니다. 필요한 구성 파일은 다음과 같습니다.

[program:postgresql]
command=[conda folder]/envs/my-rdkit-env/bin/postgres -D /folder/where/data/should/be/stored
user=[your username]
autorestart=true

PostgreSQL이 실행되고 나면 conda 환경이 활성화될 때 모든 일반 PostgreSQL 명령을 실행할 수 있습니다. 따라서 데이터베이스를 생성하려면 다음을 실행할 수 있습니다.

createdb my_rdkit_db
psql my_rdkit_db
# create extension rdkit;

다른 환경에서 여러 PostgreSQL 설치를 사용하려는 경우 PostgreSQL 구성 파일을 편집하여 다른 pid 파일, 유닉스 소켓 및 포트를 설정해야 합니다. 위의 구성에서 이러한 파일은 /folder/where/data/should/be/stored에서 찾을 수 있습니다.

Linux and OS X

Installation from repositories

Ubuntu 12.04 and later

Debichem 팀의 노력 덕분에 RDKit은 Ubuntu 리포지토리를 통해 사용할 수 있습니다. 설치하기 위해서:

$ sudo apt-get install python-rdkit librdkit1 rdkit-data

Fedora, CentOS, and RHEL

Gianluca Sforna의 작업 덕분에 RDKit의 바이너리 RPM이 이제 공식 Fedora 리포지토리의 일부가 되었습니다.
https://admin.fedoraproject.org/pkgdb/package/rpms/rdkit/

OS X

Eddie Cao는 RDKit을 쉽게 구축하는 데 사용할 수 있는 홈브류 공식을 만들었습니다.
https://github.com/rdkit/homebrew-rdkit

Building from Source

2018_03 릴리스부터 RDKit 핵심 C++ 코드는 최신 C++로 작성되었습니다. 이번 릴리스에서는 C++11을 의미합니다. 이것은 그것을 빌드하는 데 사용된 컴파일러가 완전히 고대적일 수 없다는 것을 의미합니다. 다음은 최소 테스트 버전입니다.

  • g++ v4.8: SLN 파서 코드는 v4.8로 빌드할 수 없습니다. 이 이전 컴파일러를 사용하면 자동으로 비활성화됩니다.
  • clang v3.9: 이전 버전의 컴파일러도 작동할 수 있지만 테스트하지는 않았습니다.
  • Visual Studio 2015: 이전 버전의 컴파일러도 작동할 수 있지만 테스트하지는 않았습니다.

소스에서 필수 구성 요소 설치

필수 패키지:

  • cmake. 버전 3.1(또는 최신 버전)이 필요합니다. Linux 배포판에 적절한 패키지가 없는 경우 http://www.cmake.org를 방문하십시오.
  • Python 래퍼를 사용하려는 경우 다음이 필요합니다.
    • 파이썬 헤더. 이것은 아마도 당신의 리눅스 배포판을 위한 python-dev 패키지(또는 그것이 무엇이든 간에)를 설치해야 한다는 것을 의미합니다.
    • sqlite3. 공유 라이브러리도 필요합니다. 이렇게 하려면 sqlite3-dev 패키지를 설치해야 할 수 있습니다.
    • numpy 가 설치되어 있어야 합니다.

OS X에서 XCode로 빌드하는 경우 XCode와 함께 제공되는 numpy 버전에 문제가 있는 것 같습니다.
해결 방법은 아래 (FAQ 참조) 섹션을 참조하십시오.

부스트 설치

Linux 배포판에 python 및 직렬화 라이브러리를 포함하여 버전이 1.58 이상인 boost-devel 패키지가 있는 경우 이를 사용하고 아래 단계를 저장할 수 있습니다.

부스트 라이브러리 버전이 미리 설치되어 있고 자신의 버전을 사용하려는 경우 코드를 빌드할 때 주의하십시오. 우리는 cmake가 사용자 설치 버전의 boost를 사용하여 컴파일된 다음 시스템 버전에 대해 링크된 Fedora 시스템에서 적어도 하나의 예를 보았습니다. 이로 인해 세분화 오류가 발생했습니다. 아래 (FAQ 참조) 섹션에 이에 대한 해결 방법이 있습니다.

  • 부스트 웹 사이트 에서 부스트 소스 배포판 다운로드
  • 컴퓨터 어딘가에 소스 추출(예: /usr/local/src/boost_1_58_0)
  • 필요한 부스트 라이브러리를 빌드합니다. 부스트 사이트에는 이에 대한 자세한 지침 이 있지만 개요는 다음과 같습니다.
    • cd $BOOST
    • 파이썬 래퍼를 사용하려면: ./bootstrap.sh --with-libraries=python,serialization
    • 파이썬 래퍼를 사용하지 않는 경우: ./bootstrap.sh --with-libraries=serialization
    • ./b2 install

이 단계에 문제가 있으면 부스트 설치 지침 을 확인하십시오.

Building the RDKit

소스를 여기에서 tar.gz로 에칭하지만 git을 사용할 수도 있습니다.

$ wget https://github.com/rdkit/rdkit/archive/Release_XXXX_XX_X.tar.gz
  • 필수 구성 요소가 설치되어 있는지 확인
  • 환경 변수:
    • RDBASE: RDKit 배포의 루트 디렉터리(예: ~/RDKit)
    • Linux: LD_LIBRARY_PATH: $RDBASE/lib 및 부스트 공유 라이브러리가 설치된 위치를 포함하는지 확인하십시오.
    • OS X: DYLD_LIBRARY_PATH: $RDBASE/lib 및 부스트 공유 라이브러리가 설치된 위치를 포함하는지 확인하십시오.
    • Python 래퍼를 사용하려는 경우 다음이 필요합니다.
      • PYTHONPATH: $RDBASE가 포함되어 있는지 확인
  • Building:
    • cd $RDBASE
    • mkdir build
    • cd build
    • cmake .. : 기본이 아닌 Python 버전을 지정해야 하거나 비표준 위치에 부스트가 있는 경우 빌드 구성에 대한 아래 섹션을 참조하세요.
    • make : 모든 라이브러리, 회귀 테스트 및 래퍼(기본값)를 빌드합니다.
    • make install

FAQ 및 솔루션 목록은 아래를 참조하십시오.

빌드 테스트(선택 사항이지만 권장됨)

  • cd $RDBASE/build and do ctest
  • you’re done!

고급

설치 위치 지정

RDK_INSTALL_INTRE를 꺼야 합니다.

cmake -DRDK_INSTALL_INTREE=OFF -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/path/as/you/like ..
대체 Boost 설치 지정

부스트 라이브러리와 헤더 파일을 찾을 위치를 cmake에 알려야 합니다.

/opt/local에 boost를 넣은 경우 cmake 호출은 다음과 같습니다.

cmake -DBOOST_ROOT=/opt/local ..

시스템 설치가 있는 시스템에서 고유한 부스트 설치를 사용하는 경우 일반적으로 cmake 명령에 -D Boost_NO_SYSTEM_PATHS=ON 인수도 포함하는 것이 좋습니다.

대체 Python 설치 지정

컴퓨터에 기본 python 설치를 사용하지 않는 경우 cmake에 연결해야 하는 python 라이브러리와 python 헤더 파일을 찾을 위치를 알려야 합니다.

다음은 샘플 명령줄입니다.

cmake -D PYTHON_LIBRARY=/usr/lib/python3.6/config/libpython3.6.a -D PYTHON_INCLUDE_DIR=/usr/include/python3.6/ -D PYTHON_EXECUTABLE=/usr/bin/python3 ..

올바른 파이썬이 PATH의 첫 번째 버전인 경우 PYTHON_EXECUTABLE 부분은 선택 사항입니다.

Python 래퍼 비활성화

Python 래퍼 빌드를 완전히 비활성화할 수 있습니다.

cmake -DRDK_BUILD_PYTHON_WRAPPERS=OFF ..
  • cmake 명령줄에 -DRDK_BUILD_INCHI_SUPPORT=ON 인수를 추가하여 InChI 문자열 및 InChI 키 생성 지원을 활성화할 수 있습니다.
  • -DRDK_BUILD_AVALON_SUPPORT=ON 인수를 cmake 명령줄에 추가하여 Avalon 툴킷에 대한 지원을 활성화할 수 있습니다.
  • 구조 묘사를 위해 고품질 PNG를 생성하려면 시스템에 cairo를 설치하고 cairo 지원이 활성화된 RDKit을 빌드해야 합니다. -DRDK_BUILD_CAIRO_SUPPORT=ON
  • 3D 디스크립터를 사용하려면 eigen3 사본이 설치되어 있어야 합니다. 대부분의 운영 체제에는 적절한 패키지가 있습니다.
자바 래퍼 빌드

추가 요구 사항

  • SWIG >v2.0: http://www.swig.org

Building

  • cmake를 호출할 때 인수에 -D RDK_BUILD_SWIG_WRAPPERS=ON을 추가하십시오. 예: cmake -D RDK_BUILD_SWIG_WRAPPERS=ON ..
  • make를 사용하여 정상적으로 빌드 및 설치합니다. $RDBASE/Code/JavaWrappers/gmwrapper 디렉토리에는 3개의 필수 파일인 libGraphMolWrap.so(OS X의 libGraphMolWrap.jnilib), org.RDKit.jar 및 org.RDKitDoc.jar이 포함됩니다.

Using the wrappers

래퍼를 사용하려면 세 파일이 동일한 디렉토리에 있어야 하며 CLASSPATH 및 java.library.path에 있어야 합니다. 자이썬을 사용한 예:

$ CLASSPATH=$CLASSPATH:$RDBASE/Code/JavaWrappers/gmwrapper/org.RDKit.jar jython -Djava.library.path=$RDBASE/Code/JavaWrappers/gmwrapper
Jython 2.2.1 on java1.6.0_20
Type "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> from org.RDKit import *
>>> from java import lang
>>> lang.System.loadLibrary('GraphMolWrap')
>>> m = RWMol.MolFromSmiles('c1ccccc1')
>>> m.getNumAtoms()
6L
옵션 패키지
  • RDKit InChI 지원을 설치하려면 $RDBASE/External/INCHI-API/README의 지침을 따르십시오.
  • RDKit Avalon 툴킷 지원을 설치하려면 $RDBASE/External/AvalonTool/README의 지침을 따르십시오.
  • PostgreSQL 카트리지를 만들고 설치하려면 $RDBASE/Code/PgSQL/rdkit/README의 지침을 따르십시오.

자주 발생하는 문제

각각의 경우 경로의 특정 부분을 ….

문제:

Linking CXX shared library libSLNParse.so
/usr/bin/ld: .../libboost_regex.a(cpp_regex_traits.o): relocation R_X86_64_32S against `std::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> >::_Rep::_S_empty_rep_storage' can not be used when making a shared object; recompile with -fPIC
.../libboost_regex.a: could not read symbols: Bad value
collect2: ld returned 1 exit status
make[2]: *** [Code/GraphMol/SLNParse/libSLNParse.so] Error 1
make[1]: *** [Code/GraphMol/SLNParse/CMakeFiles/SLNParse.dir/all] Error 2
make: *** [all] Error 2

해결책: cmake를 호출할 때 인수에 다음을 추가합니다. -DBoost_USE_STATIC_LIBS=OFF
추가 정보: http://www.mail-archive.com/rdkit-discuss@lists.sourceforge.net/msg01119.html

문제:

.../Code/GraphMol/Wrap/EditableMol.cpp:114:   instantiated from here
.../boost/type_traits/detail/cv_traits_impl.hpp:37: internal compiler error: in make_rtl_for_nonlocal_decl, at cp/decl.c:5067

    Please submit a full bug report, with preprocessed source if appropriate. See \<URL:<http://bugzilla.redhat.com/bugzilla>\> for instructions. Preprocessed source stored into /tmp/ccgSaXge.out file, please attach this to your bugreport. make[2]: **\* [Code/GraphMol/Wrap/CMakeFiles/rdchem.dir/EditableMol.cpp.o] Error 1 make[1]:**\* [Code/GraphMol/Wrap/CMakeFiles/rdchem.dir/all] Error 2 make: *\** [all] Error 2

해결책: Code/GraphMol/Wrap/EditableMol.cpp 상단에 #define BOOST_PYTHON_NO_PY_SIGNATURES 추가
추가 정보: http://www.mail-archive.com/rdkit-discuss@lists.sourceforge.net/msg01178.html

문제: 시스템에 /usr/lib에 boost 버전이 설치되어 있지만 RDKit에서 더 최신 버전을 사용하도록 강제하고 싶습니다.

해결책: 이것은 -D Boost_NO_SYSTEM_PATHS=ON 인수를 제공하여 해결할 수 있습니다.

cmake -D BOOST_ROOT=/usr/local -D Boost_NO_SYSTEM_PATHS=ON ..

문제: XCode 4로 OS X에서 빌드
문제는 XCode 4와 함께 배포되는 numpy 버전으로 인해 발생하는 것 같으므로 새 복사본을 빌드해야 합니다.

솔루션: numpy의 복사본을 가져와 root로 다음과 같이 빌드합니다.

export MACOSX_DEPLOYMENT_TARGET=10.6
export LDFLAGS="-Wall -undefined dynamic_lookup -bundle -arch x86_64"
export CFLAGS="-arch x86_64"
ln -s /usr/bin/gcc /usr/bin/gcc-4.2
ln -s /usr/bin/g++ /usr/bin/g++-4.2
python setup.py build
python setup.py install

빌드에서 새 numpy가 사용되는지 확인하십시오.

PYTHON_NUMPY_INCLUDE_PATH /Library/Python/2.6/site-packages/numpy/core/include

PYTHONPATH의 시작 부분에 있습니다.

export PYTHONPATH="/Library/Python/2.6/site-packages:$PYTHONPATH"

이제 부스트와 RDKit을 빌드하는 것이 안전합니다.

Windows

전제 조건

  • 파이썬 3.6 이상(http://www.python.org/에서)
  • numpy(http://numpy.scipy.org/에서 또는 pip install numpy 사용). win64용 바이너리는 http://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/#numpy에서 구할 수 있습니다.
  • Pillow: (https://python-pillow.github.io/>에서 또는 pip install Pillow 사용)

Installation from source

Extra software to install

  • Microsoft Visual C++: Community 버전에는 필요한 모든 것이 있으며 무료로 다운로드할 수 있습니다(https://www.visualstudio.com/vs/community). 이것은 큰 설치이며 시간이 걸립니다. RDKit은 Visual Studio 2015 및 2017로 빌드되었습니다. 최신 버전도 괜찮습니다.
  • cmake : (http://www.cmake.org/cmake/resources/software.html)이 설치되어 있어야 합니다.
  • boost : http://sourceforge.net/projects/boost/files/boost-binaries/ 에서 미리 컴파일된 부스트 라이브러리 버전을 다운로드하여 사용하는 것이 좋습니다. 설치 프로그램을 실행할 때 필요한 유일한 바이너리 라이브러리는 파이썬과 직렬화뿐입니다. 소스에서 boost를 설치하려면 http://www.boost.org에서 사본을 다운로드하고 설명서의 “시작하기” 섹션에 있는 지침을 따르십시오. 라이브러리와 헤더가 C:\boost에 설치되었는지 확인하십시오.
  • a git client : 이것은 RDKit의 개발 버전을 구축할 계획인 경우에만 필요합니다. http://git-scm.com/downloads에서 다운로드할 수 있습니다. git은 Microsoft Visual Studio 2015의 선택적 추가 기능으로도 포함되어 있습니다.

설정 및 준비

이 섹션에서는 C:\Python36에 Python이 설치되어 있고 C:\boost에 부스트 라이브러리가 설치되어 있으며 C:\RDKit라는 디렉터리에서 RDKit을 빌드한다고 가정합니다. 이러한 조건 중 하나라도 해당되지 않으면 해당 경로를 변경하기만 하면 됩니다.

  • 이름에 공백이 있는 경로에 항목을 설치하는 경우 환경 변수 정의에 따옴표를 올바르게 사용해야 합니다.
  • RDKit의 개발 버전을 사용할 계획이라면 git을 사용하여 현재 RDKit 소스의 복사본을 얻으십시오. 명령줄 클라이언트를 사용하는 경우 명령은 다음과 같습니다. git clone https://github.com/rdkit/rdkit.git C:\RDKit
  • RDKit의 릴리스된 버전을 사용할 계획이라면: 가장 최근 릴리스의 복사본을 가져와 C:\RDKit 디렉터리에 압축을 풉니다.
  • 필요한 환경 변수를 설정합니다.
    • RDBASE = C:\RDKit
    • C:\Python36이 PATH에 있는지 확인하십시오.
    • C:\RDKit\lib가 PATH에 있는지 확인하십시오.
    • C:\boost\lib가 PATH에 있는지 확인하십시오.
    • C:\RDKit이 PYTHONPATH에 있는지 확인하십시오.

명령줄에서 빌드(권장)

  • C:\RDKit\build 디렉토리를 만들고 cd ... 로 진입합니다.
  • cmake를 실행합니다. 다음은 InChI Trust 및 SourceForge 리포지토리에서 각각 InChI 및 Avalon 툴킷 소스를 다운로드하고 설치된 PostgreSQL 버전용 PostgreSQL 카트리지를 빌드하는 64비트 창용 기본 명령줄의 예입니다.
    cmake -DRDK_BUILD_PYTHON_WRAPPERS=ON -DBOOST_ROOT=C:/boost -DRDK_BUILD_INCHI_SUPPORT=ON -DRDK_BUILD_AVALON_SUPPORT=ON -DRDK_BUILD_PGSQL=ON -DPostgreSQL_ROOT="C:\Program Files\PostgreSQL\9.5" -G"Visual Studio 14 2015 Win64" ..
  • 코드를 빌드합니다. 다음은 명령줄의 예입니다. C:/Windows/Microsoft.NET/Framework64/v4.0.30319/MSBuild.exe /m:4 /p:Configuration=Release INSTALL.vcxproj
  • PostgreSQL 지원 기능이 내장되어 있는 경우 관리자 권한으로 셸을 열고 PostgreSQL 서비스를 중지하고 pgsql_install.bat 설치 스크립트를 실행한 다음 PostgreSQL 서비스를 다시 시작해야 합니다(%RDBASE%\Code\PgSQL\rdkit\README 자세한 내용은 참조)
    • "C:\Program Files\PostgreSQL\9.5\bin\pg_ctl.exe" -N "postgresql-9.5" -D "C:\Program Files\PostgreSQL\9.5\data" -w stop
    • C:\RDKit\build\Code\PgSQL\rdkit\pgsql_install.bat
    • "C:\Program Files\PostgreSQL\9.5\bin\pg_ctl.exe" -N "postgresql-9.5" -D "C:\Program Files\PostgreSQL\9.5\data" -w start
    • PostgreSQL 서비스를 다시 시작하기 전에 RDKit이 구축된 Boost 라이브러리가 시스템 PATH에 있는지 확인하십시오. 그렇지 않으면 PostgreSQL이 다음과 같은 사기성 오류 메시지와 함께 rdkit 확장을 생성하지 못합니다. ERROR: could not load library "C:/Program Files/PostgreSQL/9.5/lib/rdkit.dll": The specified module could not be found.

빌드 테스트(선택 사항이지만 권장됨)

  • cd 명령으로 C:\RDKit\build로 이동하고 ctest를 실행합니다. PostgreSQL 지원 기능이 내장되어 있는 경우 현재 로그인한 사용자는 데이터베이스 생성 및 수퍼유저 권한이 있는 PostgreSQL 사용자여야 합니다. 그렇지 않으면 PostgreSQL 테스트가 실패합니다. 인증을 위한 편리한 옵션은 PGPASSWORD 환경 변수를 ctest를 실행 중인 셸에서 현재 로그인한 사용자의 PostgreSQL 암호로 설정하는 것입니다.
  • 완료되었습니다!

License

이 문서는 Greg Landrum의 저작권(C) 2012-2020입니다.

이 작업은 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 라이선스에 따라 사용이 허가되었습니다. 이 라이선스의 사본을 보려면 http://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/을 방문하거나 Creative Commons, 543 Howard Street, 5th Floor, San Francisco, California, 94105, USA로 편지를 보내십시오.

이 라이센스의 의도는 RDKit 자체의 의도와 유사합니다. 간단히 말해서 “당신이 원하는 것은 무엇이든 하십시오. 그러나 우리에게 약간의 신용을 주십시오.”

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Java 8 Streams 소개

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방금 새로운 Learn Spring Security 강좌를 발표했는데, 여기에는 Spring Security 5의 새로운 OAuth2 스택에 초점을 맞춘 전체 자료가 포함되어 있습니다.